睡觉起来脚疼的原因有如下几种：1、痛风：如果没有进行任何运动，但睡觉起来脚疼，可能是患了痛风，患者应回顾是否饮用啤酒，并且食用了海鲜，可到医院检查血尿酸；2、风湿、类风湿疾病：考虑是否有风湿、类风湿疾病的病史；3、脚部感染：检查脚底是否感染，如脚气、鸡眼，如果发生感染，但患者未注意到，会导致脚部淋巴管炎，最终导致丹毒，致使脚部疼痛；4、长期疲劳：回忆前段时间是否有长期行走、劳损、站立或长期穿不合适的鞋，尤其女性穿高跟鞋，经过一宿的休息，醒来后又恢复到承重状态时，脚部会产生疼痛。