引起枕骨大孔疝主要是由于颅内再位性病变，使小脑扁桃体向下移位，从枕骨大孔疝出，并且压迫其腹侧的延髓造成。较常见的向后颅窝病变，如小脑病变、桥球囊角区病变，都可以造成小脑组织从枕骨大孔向外疝出，从而压迫腹侧的延髓，此情况通常比较严重。如果患者发生枕骨大孔疝，可能在很短的时间内出现心跳和呼吸骤停，而丧失抢救机会。所以在临床上尽可能避免患者发生枕骨大孔疝，患者出现枕骨大孔疝具体原因，包括小脑肿瘤、小脑出血，以及小脑半球梗死，局部脓肿、炎症等原因，都可以引起小脑占位性病变。如果患者出现的占位性病变体积较大，都可以引起枕骨大孔疝。此外，大脑占位性病变，在病变晚期也可以引起枕骨大孔疝，主要是由于幕上的脑组织压力过大，在先发生小脑幕切迹疝的情况下，仍然没有得到及时救治，患者的脑疝可以继续发展，部分脑组织从小脑幕孔疝入幕下，进而推移小脑组织从枕骨大孔疝出，也可以引起枕骨大孔疝。