男性发生左侧肾疼，主要有以下原因：1、先天性畸形：如肾盂输尿管连接部的狭窄，特别容易造成肾脏积水，且容易继发感染，当患者有肾脏积水或继发感染时，容易发生肾区疼痛；2、炎症、结石性的病变：如肾盂肾炎、肾结石、输尿管结石，也可引起左侧肾疼；3、肿瘤性病变：囊肿较大，如血管平滑肌脂肪瘤，即错构瘤，还有肾癌类恶性肿瘤，可能发生破裂或自发出血等表现，当有破裂、自发出血时，也可感觉左侧肾区疼痛；4、外伤。