两边太阳穴胀痛的原因较多，常见原因如下：1、原发性头痛：即没有颅内外器质性疾病的头痛，找不到病因，通常是指偏头痛或者紧张性头痛。偏头痛可以在两侧太阳穴同时出现，病史较长，可能几年，甚至十几年、几十年，头痛间断出现，几个月出现1次或者是1个月出现1次，发作1次之后不治疗，可能休息一晚会自动缓解，称为良性特发性头痛；2、继发性头痛：继发于颅内外器质性疾病的头痛，比如高血压病、发烧、各种代谢中毒性脑病、颅内肿瘤、脑炎、脑膜炎、脑出血、蛛网膜下腔出血、头部外伤、硬膜下血肿、静脉窦血栓形成等，都可以引起头痛。