巧克力囊肿和多囊卵巢综合征是两种不同的疾病，它们主要在以下三个方面存在区别：
1. 病因：巧克力囊肿主要是由于经血逆流、淋巴和静脉播散等原因，导致陈旧性的月经血积存而成。而多囊卵巢综合征的病因则不明确，可能涉及家族遗传、环境等因素。
2. 症状：巧克力囊肿的患者常表现为痛经、月经淋漓不尽、月经周期紊乱、慢性盆腔痛、性交痛等症状。而多囊卵巢患者常表现为月经周期紊乱、排卵异常、身体多毛、面部痤疮、脂代谢异常等症状。
3. 治疗：巧克力囊肿主要通过手术切除囊肿，以改善症状，还可以通过服用布洛芬等非甾体抗炎药缓解痛经。多囊卵巢综合征可以通过使用复方醋酸甲地孕酮片等药物缓解症状。
总体来说，巧克力囊肿和多囊卵巢综合征在病因、症状和治疗方法上有明显的不同。因此，需要由医生根据患者的具体情况进行诊断和治疗。
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