六岁孩子不由自主摇头的原因可能如下：
1. 不良习惯：有些孩子可能会因为不良习惯而无意识地摇头。这种行为通常是无意识的，可以通过家长与孩子进行沟通，采用玩游戏、讲故事等方式转移注意力，逐渐缓解症状。
2. 营养不良：如果孩子挑食、偏食等不良饮食习惯，可能导致体内缺乏营养元素，进而出现摇头现象。家长可以通过饮食调节，比如让孩子多吃新鲜水果和蔬菜，补充身体所需营养，改善摇头症状。
3. 抽动症：这是由于情绪紧张、营养不良、身体代谢障碍、常染色体显性遗传等引起的。抽动症患者可能会不由自主地摇头，同时可能伴有其他症状，例如面部抽动、眼球运动等。对于抽动症的治疗，可以在医生的指导下使用相应的药物。
4. 正常现象：如果天气炎热，孩子穿的衣服多，导致身体出汗，也可能会出现摇头的症状。此时，家长可以给孩子减少衣物，改善症状。
需要注意的是，六岁孩子不由自主摇头的具体原因需要结合孩子的实际情况进行判断。如果孩子的摇头症状持续时间较长或者伴随其他症状，建议及时就医，以便医生根据具体情况进行诊断和治疗。
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