巧克力囊肿患者应该及时到医院妇科就诊，在医生指导下选择合适的药物进行治疗，其常用药物包括非甾体类抗炎药和激素类药物。
一、非甾体类抗炎药。这是一类具有抗炎、解热、镇痛作用的药物，可以用于缓解病变引起的轻微腹痛或痛经，但并不能阻止病情的发展。常用药物有布洛芬、对乙酰氨基酚、吲哚美辛等。
二、激素类药物。1、孕激素。常用药物有醋酸甲羟孕酮、甲地孕酮、炔诺酮以及地诺孕素等，辅以小剂量的雌激素，可以治疗早期的巧克力囊肿。2、口服避孕药。常用低剂量高效孕激素和炔雌醇复合制剂。通过长时间服用这类药物，可以造成类似妊娠的人工闭经，主要适用于病灶较小且痛经严重的患者。3、促性腺激素释放激素激动剂(GnRH-a)。常用药物有亮丙瑞林、戈舍瑞林。该类药物可以使卵巢激素水平明显下降，出现暂时性闭经。4、孕激素拮抗剂。常用药物有米非司酮等，可以使异位的子宫内膜萎缩，从而达到治疗巧克力囊肿的效果。5、达那唑。该药物主要适用于轻、中度痛经明显的患者，可以抑制病情发展，但可能会造成肝功能损害。6、孕三烯酮。该药物与达那唑疗效相近，但不良反应较小，对肝功能影响较小且可逆，并且用药量少、方便。
如果经药物治疗后症状不缓解，或者巧克力囊肿过大，患者还需要考虑手术治疗。因此，巧克力囊肿患者选择药物治疗方案应在医生指导下进行，根据个人情况选择适合自己的药物，不建议随意使用药物。同时手术治疗应当在医生指导下进行，选择适合的手术方式。
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