柠檬的品种分类邦尼布雷(Bonnie Brae):果皮较薄,无籽,表皮光滑,形状呈椭圆体,主要种植于美国圣迭戈县。
灌木柠檬:移植生长于澳大利亚亚热带地区的柠檬品种,非常硬且皮厚,具有纯正的柠檬味道,其果皮可以用于烹饪。在阳光充足的地区该品种的柠檬树可长至4米。
尤力克(Eureka):周年开花结果的柠檬品种,是超市里常见的柠檬品种。
费米耐罗圣特雷莎(Femminello 或 Sorrento):原产于意大利,果皮中柠檬油的含量较高,是经常被用来制造柠檬酒的柠檬品种。
粗皮柠檬(Jhambiri、rough lemon 或 bush lemon):果皮粗糙,外表呈柠檬黄,且非常酸,在东亚主要被用于根砧木进行育种。
里斯本(Lisbon):苦柠檬中品质较好的一种,汁水多且酸度高,与尤力克非常类似。该品种的柠檬树生长力旺盛且多产。
中国柠檬(Meyer lemon):柠檬与某种桔子或柑橘的杂交,英文名以前美国农业部部长弗兰克·迈耶的名字命名,他在1908年首先发现了这一品种。与里斯本和尤力克两个品种相比,中国柠檬酸度更低、皮薄且更耐霜冻。相对于其他品种,中国柠檬在运输途中需要更多的保护,该品种也没有大面积地商业化种植。中国柠檬成熟的时候表皮呈现橘黄色。
粗柠檬(Ponderosa lemon):对低温较为敏感,果皮非常厚且体积大,有可能是枸橼与柠檬的杂交体。
红粉斑斓(Variegated Pink):属于里斯本或者尤力克的变种品种,叶片呈杂色样,且未成熟时果皮呈绿色。当果实成熟时则变为黄色,果汁和果肉呈粉红色或桃色。维尔托(Verna):西班牙当地的变种,其来源不明。Yen Ben:来自澳大利亚的栽培变种。