肛门周围脓肿一旦明确诊断，治疗首选切开引流，简单的手术治疗是在肛门周围脓肿最明显的部位切开，将脓液放出，放置引流条，持续对脓液进行引流，是常规应用的治疗方式。彻底治疗肛周脓肿可能需要在麻醉状态下，将脓肿切开后进行全面探查，寻找导致脓肿的原发病灶，即脓腔是否与肛门相通，如果相通则需要按照肛瘘进行治疗。此外可以对肛周脓肿进行微创治疗，即在脓肿腔内置入引流管，由于反复冲洗引流也能够达到一定效果。上述治疗方法目前应用较少，治疗效果需要进一步研究。肛周脓肿无论哪种方式均需要手术治疗，无论是否形成脓肿，单纯应用药物治疗无效，必须手术治疗。