复杂性肛瘘目前临床仍以手术为主要治疗手段，中药熏洗等中医中药特色治疗方法主要在于减轻术后疼痛，减少创面渗出，促进创面修复，缩短愈合时间。虽然这类方法并不能直接治愈疾病，但它能更好的提高患者整个就诊体验，减少患者对手术治疗以及后期换药过程中的恐惧和紧张。对于身体状况不佳，不能耐受手术的患者，通过中药熏洗等保守治疗，同时也能起到很好的缓解症状、控制疾病发展的作用。临床也通常会碰到一些患者不愿意接受手术治疗，这种情况下可以通过中药熏洗来缓解症状。仅通过这样一项保守治疗是不可能完全治愈肛瘘的，一旦诊断明确建议尽早手术治疗。