系统性红斑狼疮的并发症有以下几种：1、感染：最常见的并发症就是感染，因为是影响到免疫系统的疾病，免疫混乱导致免疫功能下降，各种病原体的感染机会较多。如果重症感染，重要脏器的感染，其预后相当差；2、慢性肾功能衰竭：系统性红斑狼疮如果累及肾脏时间较长，没有得到很好控制，病人可能会出现慢性肾功能衰竭，最后可能需要进行血液透析、腹膜透析等治疗，最后由于终末肾的表现，可能导致死亡；3、巨噬细胞活化综合征：现在发现系统性红斑狼疮的并发症与幼年特发性关节炎相同，会出现巨噬细胞活化综合征。如果发生巨噬细胞活化综合征，与全身型幼年特发性关节炎的并发存在不同。临床上要注意二者的补体、血沉等不同。