肠道菌群可以自我调节，肠道内有成千上万、各种各样的菌，复杂多样菌群的调节能力较好，即便是环境变化、饮食变化，会暂时影响到某些菌群的生存条件，对整个菌群的大环境而言，通过自身调节，即可较快恢复正常。肠道菌群是较为稳定的生态系统，少数情况下才会出现致病性紊乱。 常见造成疾病的肠道菌群紊乱是抗生素相关性腹泻，大量应用抗生素会杀灭致病菌，但是也会杀灭肠道内正常存在的细菌，进而导致肠道菌群紊乱，引起顽固性腹泻，这种情况常见于重症感染患者。