双肺多发性小结节的治疗方法取决于具体病因，主要如下：1、肺结核：如果双肺多发性的小结节，尤其是粟粒样的结节，考虑是血行播散型的肺结核，这是比较严重的疾病，必须要进行正规的抗结核治疗，必要时需要口服以及静脉输注来进行抗结核治疗，多数病人有全身炎症反应的症状；2、隐球菌、真菌、曲霉菌感染：通常需要抗真菌治疗，抗真菌治疗的特点是疗程比较长、起效比较慢；3、自身免疫系统疾病：要按照自身免疫系统的疾病进行免疫抑制治疗；4、肿瘤：如果是肺内支气管肺癌肺内转移导致，要依据肺内支气管肺癌的病理类型，采取相应的化疗、放疗、靶向治疗。如果双肺多发性的小结节是肺外肿瘤肺内转移导致，通常要按照肺外肿瘤的类型，采取相应的治疗。