肝内基本无痛觉神经，肝胆管结石一般不会引起局部胆管的痉挛收缩，可无疼痛。但部分患者压力高的情况下可有症状，形成局部高压刺激肝包膜，出现隐痛，有的时候可有轻微胀感。但是不会有典型胆绞痛症状，也不会有胃肠道的痉挛疼痛。 胆管结石会引起感染，胆汁逆行细菌繁殖可能引起全身症状，甚至出现发烧。患者通常无黄疸发生，因为仅为分支堵塞，可能引胆红素轻微升高。疼痛不是肝内胆管结石的主要症状，怀疑肝内胆管结石时先应做B超以明确。部分患者为胆管内结石，部分患者为局部钙化或周边血管钙化。如为局部胆管腔的扩张，毫无疑问是胆管结石。胆管结石的症状不典型，患者一般不需做很多的鉴别诊断。