治疗扁桃体肥大最好的方法取决于扁桃体肥大的程度，以及其引起的症状：1、如果扁桃体肥大引起呼吸堵塞，导致堵塞性睡眠呼吸暂停，通过睡眠监测显示有明显的阻塞性睡眠呼吸暂停，就需要通过手术来切除扁桃体，从而改善症状，这是较好的治疗方法；2、如果扁桃体肥大导致说话有含物音、发音不清晰，这也是手术切除扁桃体的适应症，只有通过手术切除肥大的扁桃体，才可以改善扁桃体肥大引起的堵塞症状，另外扁桃体肥大没有明确的药物治疗有确切疗效；3、如果扁桃体肥大是因为肿瘤导致的，则需要进行必要的手术，甚至放化疗来进行抗肿瘤治疗，才能达到治疗扁桃体肥大的目的。