产前超声可以查出部分消化道畸形，比如十二指肠闭锁、空肠回肠闭锁、结肠闭锁等。胎儿畸形是一个动态发展的过程，在胎儿逐渐成熟或畸形发展到一定程度时，超声才能检查出来，不是所有畸形超声都能检查出来，比如食管闭锁。食管闭锁可以分五型，单纯食管闭锁的胎儿不能吞咽羊水，这时候羊水较多，虽然超声无法看见闭锁的食管，但是可以根据超声表现间接提示食管闭锁。当食管闭锁伴有气管食管瘘时，羊水可以通过瘘管进入胃泡，在声像图的表现上和正常胎儿没有差别，这种情况下的食管闭锁，超声无法检查出来。产前检查出胎儿胃肠道畸形，其远期预后取决于胎儿是否伴有染色体畸形或是否合并其他结构畸形，伴发畸形越多，患儿预后越差。