常用的腹腔灌注化疗药物众多，其中包括顺铂、卡铂、奈达铂、洛铂、奥沙利铂、氟尿嘧啶、丝裂霉素、紫杉醇、噻替哌、米托蒽醌、依托泊苷、拓扑替康、博来霉素及伊立替康等，具体药物需要根据患者的病情来选择。一般铂类以顺铂灌注作为常用，但是灌注顺铂要注意水化，即要用大量的液体，使顺铂对肾脏的副作用减轻到最低，卡铂反应小于顺铂。但对于消化系统的肿瘤基本无效，草酸铂即奥沙利铂有神经的毒性，疼痛与肠梗阻的发生率比较高，不易腹腔灌注。近来发现奈达铂、洛铂具有高效广谱低毒的特性，氟尿嘧啶、羟基喜树碱、丝裂霉素、博来霉素等，也可以进行腹腔灌注，不常用的腹腔灌注化疗药物有阿霉素，现在都用米托蒽醌来替代。紫杉醇对卵巢癌、乳腺癌疗效比较显著，但是引起神经毒性比较容易造成腹痛和肠麻痹。所以现在应用的也不是很多，但这类化学性腹膜炎发生率比较高，胸腔灌注可以考虑使用，腹腔灌注一般不考虑使用，经肝脏代谢后才产生的细胞毒性药物，也不考虑使用。