一般情况下，牙周脓肿是根据临床病史、病人本身临床表现以及X线片检查这三个方面相互结合，从而做出诊断。一般牙周脓肿应与牙龈脓肿、牙槽脓肿做好临床鉴别诊断。一般情况下牙龈脓肿是局部硬物刺激或者结石、菌斑刺激，导致牙龈的局限性炎症，炎症局限在游离龈附近，不会波及到牙周支持组织。牙龈脓肿在临床上治疗主要通过局部刺激结石与菌斑，冲洗上药即可解决问题，不需要其它处理。牙槽脓肿主要肿胀局限在前庭沟附近，不会引起牙周支持组织缺损，没有附着丧失。牙周脓肿主要是牙周支持组织的局限性炎症，它会引起牙周支持组织、骨组织的丧失，有附着丧失，有牙槽骨吸收，一般都是牙周炎发展到中晚期所出现的症状，通过X线表现可以发现有明显的牙槽骨吸收。