吞咽疼痛有以下原因：1、感染性疾病：如病毒、细菌、支原体或其他病原体感染，如扁桃体炎、咽炎、口腔溃疡等，感染性疾病引起吞咽困难，通过控制感染得到缓解可使疼痛消失；2、机械刺激：进食坚硬食物或鱼刺刺伤黏引起喉咙肿痛，出现吞咽困难的情况；3、肿瘤：鼻咽癌、扁桃体肿物、喉癌等肿瘤性疾病，早期患者没有症状，但当患者感觉疼痛时可能到中晚期；4、心脏病：心肌梗死出现咽喉疼，主要因为咽喉和心脏神经受到同一阶段脊神经的支配。当心肌梗死时刺激神经产生疼痛，扩散到咽部迷走神经，诱发吞咽疼痛；5、舌咽神经痛：舌咽神经是颅内神经疼痛的诱发因素，吞咽时出现阵发性电击痛。