先天性巨结肠术后会有不同程度的排便功能障碍，包括便秘、大便失禁。因此巨结肠根治手术以后并不代表巨结肠疾病已经完全愈合，还需要各种辅助治疗手段。患者长期便秘，大量毒素积聚在肠腔里，会损伤近端肠管肠神经和平滑肌。 患者要减少巨结肠术后小肠结肠炎的发生，培养正确的入厕习惯。尽早建立排便反射，合理饮食，如多吃蔬菜、水果以及粗粮等富含粗纤维素的食物；多饮水、多运动，促进肠管蠕动。术后存在顽固性便秘的患儿需要到儿童专科医院进行详细评估，制定个体化的康复计划，但是少数患者还需要再次手术治疗。 巨结肠合并有近端肠管神经元发育不良，患者术后存在近端肠管功能异常。因此巨结肠术后需坚持规律扩肛治疗半年，防止吻合口狭窄以及吻合口瘢痕形成，影响肠蠕动和排便功能。