口腔内长水疱有多种原因，比如疱疹病毒、自身免疫性疾病、小涎腺堵塞、外伤等，具体如下：1、单纯疱疹病毒：水疱较小，但数量可能较多，起水疱之后很快破溃，破溃后形成糜烂面，糜烂面在口腔内表现为溃疡且局部有疼痛，病毒感染具有自愈性，一般过一段时间会好，局部也可以用软膏来加速愈合、减少疼痛；2、自身免疫性疾病：比如天疱疮是口腔里表现为大疱，大疱破溃了之后形成较大的糜烂面，可以发生在全身所有黏膜表面，不容易好且危害较大，患者也比较痛苦；3、小涎腺堵塞：尤其在下嘴唇比较常见，可能鼓起水疱且不疼，其实是黏膜下分泌唾液的小涎腺堵塞；4、外伤：导管堵塞导致唾液分泌不出来或者不小心咬破了，唾液没有通过导管排到口腔内，排到组织间隙内，形成鼓起的水疱，叫黏液囊肿，一般需要通过手术治疗。