临床以6个月为期限，如果6个月脑炎不能痊愈，需要考虑可能出现后遗症。脑炎后遗症是因为急性期脑损伤引起，因此经验丰富的医师即使在急性期对脑炎患者进行充分检查以后，很快可以预判今后有无后遗症，例如继发性癫痫通常是因为有脑细胞受损或脑软化灶形成，智力低下也是因为脑损伤严重，脑积水是因为脑膜炎较严重导致脑脊液循环梗阻和障碍等。 医师发现异常后会积极对症治疗，尽量减少后遗症。但经过急性期治疗以后高危因素如果不能排除，后遗症不可避免。