女性腰两侧疼痛的原因较多，具体如下：1、泌尿系统的疾病：此时需要考虑女性泌尿系统是否出现了问题，若女性有肾炎、肾积水、肾结石、输尿管结石、膀胱炎、膀胱结石、尿路感染等泌尿系统疾病，就会造成女性腰两侧疼痛；2、妇科以及盆腔相关的疾病：女性腰两侧疼痛时也需要考虑是否是妇科以及盆腔相关的疾病，比如慢性盆腔炎、附件炎、卵巢囊肿等问题；3、消化系统疾病：此时也需要考虑腹部的脏器，比如女性是否有消化道疾病，如有些肠炎、胃炎的女性也会出现腰两侧疼痛；4、脊柱的疾病：若女性的腹腔脏器、泌尿系统、妇科等都没问题，就需要检查一下是否是脊柱出现了问题，如是否有腰椎间盘突出、腰椎小关节错位，上述疾病可卡压腰后部的后支神经；也要注意是否有慢性的腰肌劳损。总之，腰椎间盘突出、椎体滑脱、小关节错位、腰肌劳损也会造成女性腰两侧疼痛。