一觉醒来眼睛感觉疼痛的原因如下：1、麦粒肿：即局部睑板腺发炎，局部肿胀后压迫眼睛，感觉疼痛、不舒适；2、眼睛局部炎症、外伤性感染等：可以造成眼睛疼痛、不舒适。比如急性结膜炎伴有分泌物，并且视物感觉到比较模糊。过敏性结膜炎，感觉眼睛痒、疼痛、流泪较多。角膜炎，包括化脓性角膜炎、外伤性角膜炎、真菌性角膜炎、泪囊炎、睑缘炎等，都可以引起眼睛疼痛、不舒适；3、过度的疲劳、熬夜、眼睛干涩：也可以一觉醒来感觉眼睛肿、疼、不舒适；4、严重的倒睫：也会刺激眼睛，出现痉挛的状态，出现疼痛表现；5、青光眼：眼睛疼痛、胀痛，甚至伴有头部疼痛，严重的还可以伴有恶心、呕吐等严重症状；6、过敏、被蚊虫叮咬：也会觉得眼睛肿痛、不舒适；7、特发性皮炎：引起局部的痒、刺激、疼痛。局部一只眼睛醒来以后感觉疼痛，有较多因素引起，应该正确地进行诊治，减少眼睛疼痛的症状。