大多数眼球发炎难以自愈，如果出现病毒性结膜炎，部分患者可以自愈，病毒感染本身2周左右可能会自愈。大多数患者出现病毒感染时，可能出现继发性细菌感染，导致更为严重的病原体感染，不能由于仅为结膜炎而忽视治疗。部分患者的病毒感染属于较重的病毒，可能在1周时自觉症状改善，眼睛不再发红、疼痛，眼屎较少，但是经过专业检查可以发现病毒已经侵犯角膜，存在较多浸润斑，如果没有及时治疗，可能会变成斑翳。如果斑翳恰好位于中央，可能直接影响视力，如果持续出现在边，可能影响眼底检查，如果斑翳较大，甚至会导致散光。治疗时机恰好在于自觉好转时，如果及时使用激素可以根治。如果贻误治疗，可能遗留斑翳，角膜炎、结膜炎好转后瘢痕可以永久存在。