腰困、小肚子疼，可能由以下几种原因引起：1、月经期：女性在月经期间可能会有腰困、小肚子疼，主要是由于盆腔充血造成；2、慢性盆腔炎：引起腰困、小肚子疼痛等，需要去妇科做妇科彩超或者盆腔磁共振，确诊是否有慢性盆腔炎；3、泌尿系统疾病：如膀胱性疾病，膀胱肿瘤、膀胱炎，以及前列腺、精囊腺疾病，甚至输尿管、肾脏疾病，都有可能引起腰困、小肚子疼；4、植物神经功能紊乱：通过泌尿外科或者妇科检查排除疾病外，有可能是植物神经功能紊乱所引起的肠功能紊乱。针对植物神经功能紊乱，可以口服调节功能紊乱的药物进行治疗，通常能够取得较好的效果。