射精后阴茎疼痛，最常见于以下原因：1、尿道炎：病人发生尿道炎时，感染性致病菌导致尿道黏膜红肿、糜烂，还会导致尿道黏膜出现水疱、脓疱。水疱、脓疱破裂后，出现脓性分泌物，在射精时，由于尿道黏膜糜烂，会出现糜烂处黏膜刺痛的症状；2、前列腺炎：病人发生前列腺炎时，感染性致病菌刺激前列腺部尿道黏膜，导致黏膜红肿、糜烂，引起前列腺腺体炎性肿大。前列腺腺体炎性肿大后，会波及射精管开口，导致输精管发炎。感染性致病菌在输精管内大量繁殖，在射精时，致病微生物射入后尿道，导致后尿道出现疼痛症状；3、后尿道结石：病人发生后尿道结石，由于射精后刺激后尿道黏膜，导致尿道收缩，也会出现阴茎疼痛症状。病人出现上述症状时，应及时到泌尿外科就医，通过泌尿系彩超检查，可以除外有无膀胱结石、后尿道结石，通过前列腺彩超检查，可以发现前列腺腺体是否有炎性肿大。