在艾滋病晚期，人体的免疫功能明显下降，导致重度免疫缺陷。在此基础上，人体容易发生各种感染和肿瘤，所以症状也多种多样。由于感染的病原体不同，感染可以是细菌感染、病毒感染、真菌感染或寄生虫感染，且感染部位也各不相同。除了常见的肺部和肠道感染，如肺炎、胃肠炎，还有其他不容易发生的感染，包括皮肤真菌感染如马尔尼菲青霉病，以及脑部感染。在免疫功能良好时，不容易出现，但在艾滋病晚期，免疫功能缺陷的情况下，更容易发生脑炎、脑膜炎等疾病。也可能出现各种肿瘤，如皮肤的卡波西肉瘤和神经系统肿瘤等。