甲胎蛋白和癌胚抗原的区别表现在以下几个方面：1、辅助诊断不同：虽然甲胎蛋白和癌胚抗原都是血液中可以检测到的肿瘤标志物，但是甲胎蛋白临床上主要用于原发性肝癌的辅助诊断，而癌胚抗原可以用于胃癌、肺癌、乳腺癌、胰腺癌等多种癌症的临床辅助诊断；2、正常值范围不同：甲胎蛋白和癌胚抗原的正常值范围也存在差异，甲胎蛋白的正常值是<25μg/L，癌胚抗原的正常值是<5μg/L；3、确诊癌症不同：临床上甲胎蛋白的数值达到一定程度，可以临床诊断原发性肝癌，但是癌胚抗原无论升高到何种程度，一般也不能用于临床确诊癌症疾病；4、病因不同：甲胎蛋白升高还可能见于活动性肝炎，或者是胚胎型肿瘤的患者。而癌胚抗原指标升高，可以见于长期吸烟人群、妊娠早期女性，或者炎性病变。