阴茎根部痛，原因分析如下：1、慢性前列腺炎：这是阴茎根部痛最常见的原因。慢性前列腺炎病人，由于感染性致病菌刺激前列腺部黏膜，会导致黏膜水肿、糜烂，会导致前列腺腺体增大，同时会导致腺体回声不均匀，出现腺体弥漫性炎症改变。致病微生物还会波及后尿道，引起后尿道黏膜水肿、糜烂，会出现黏膜破损，出现后尿道疼痛症状，部分病人会出现酸痛或压痛症状；2、急性尿道炎：阴茎根部疼痛，还见于急性尿道炎病人。病人发生急性尿道炎时，由于感染性致病菌刺激尿道黏膜，会出现黏膜红肿、糜烂，会出现黏膜破损症状，部分病人还会出现水疱、脓疱。水疱、脓疱破裂后，会形成溃疡面，病人会出现阴茎根部疼痛症状。病人出现上述症状时，经常伴有尿道口分泌物，部分病人还会出现尿道发痒症状。病人出现上述症状时，需及时到泌尿外科就医。