阴茎硬起来的时候会痛，主要原因具体如下：1、阴茎硬结症：通常是在阴茎海绵体白膜处，出现纤维结节，在阴茎勃起时，会出现局部疼痛症状，还会导致阴茎出现侧弯症状；2、尿道炎：患者有淋菌性尿道炎时，由于感染性致病菌，刺激尿道黏膜，导致黏膜水肿糜烂，会出现水疱、脓疱、水疱，脓疱破裂后，会形成脓性分泌物，形成局部溃疡，导致患者在勃起时，出现阴茎疼痛症状。若患者有非淋菌性尿道炎，如发生衣原体性尿道炎时，亦会导致阴茎黏膜出现局部破损，当尿液刺激或在勃起时，由于性兴奋分泌的少量前列腺液进入尿道中，刺激尿道、破损黏膜，亦会出现勃起时阴茎疼痛症状；3、尿道结石：患者发生尿道结石时阴茎勃起，会导致尿道黏膜伸展、收缩，导致结石嵌顿，出现阴茎疼痛症状。患者若出现上述症状，应及时到泌尿外科就医。