肛周脓肿破溃或切开后形成肛瘘，所以肛瘘和肛周脓肿实际是一个疾病的两个不同阶段。脓肿是肛周脓肿急性期表现，肛瘘则是慢性过程。肛瘘主要症状是流脓，脓液多少决定于炎症情况，急性炎症时脓比较多，在慢性炎症时脓就会比较少。 患者还会出现瘙痒，由于皮肤受到脓液长时间刺激，可引起湿疹样改变，甚至造成湿疹性皮炎。此外，患者还会感觉疼痛，肛瘘一般不疼痛，但是如果引流不畅造成急性炎症，会引起疼痛。