肛瘘一般不易自愈，因为肛瘘外口愈合比较快，会形成假性愈合。对于肛瘘治疗方法大多数仍以手术治疗为主，根据患者不同情况，采取肛瘘切除或挂线治疗。治疗原则主要是将瘘管切开去除腐肉，形成敞开创面，促进创面愈合。 直肠内污染物不断进入内口引起继续感染，局部形成纤维化管壁，管道弯曲狭窄，引流不畅，感染沿着括约肌间隙蔓延形成局部的感染灶。当患者免疫功能下降或局部大量细菌繁殖，可造成感染与感染平衡被打破，再形成脓肿。