眼肌麻痹最佳的治疗方法是根据病因进行治疗，常见病因以及处理如下：1、脑内疾病：如果是缺血性脑血管病，需要给予控制脑血管病的治疗，比如抗血小板、抗凝以及他汀类降脂药物等，同时辅以积极的康复锻炼，多数可以恢复较好；2、周围神经损害：需要看神经损害的病因，如果是压迫所导致，需要看压迫的原因能否去除，必要时需进行手术治疗；3、炎症性：需使用营养神经、调节免疫相关药物，比如丙种球蛋白、激素类药物以及免疫制剂；4、神经肌肉接头疾病：如自身免疫相关的重症肌无力，需要使用调节免疫的药物，以及对症治疗，如果仅是轻型眼肌型，通常使用溴吡斯的明，如果合并了全身发展情况外，可能需要使用激素、免疫抑剂，或者丙种球蛋白，需要根据不同的严重程度决定；5、肌肉疾病：可能是获得性因素，比如炎症、甲亢相关等，需要根据原发病进行治疗。如果是线粒体脑肌病出现眼外肌麻痹，上睑下垂非常明显，除了对自身疾病治疗之外，可以考虑进行手术治疗。