扁桃体肿痛原因如下：1、急性化脓性扁桃体炎：病人伴有高烧且咽痛非常剧烈、进食困难，咽堵得厉害，要给予抗生素进行口服或静脉给药，如头孢类、阿奇霉素类或喹诺酮类，局部要给予激素类药物进行雾化吸入治疗，还可以用治疗咽喉炎的中成药、含片、漱口水进行治疗；2、扁桃体肿瘤：病人一侧扁桃体肿大且伴有疼痛，一定要到医院就诊，通过检查有些病人是扁桃体肿瘤，如淋巴瘤或扁桃体癌症，造成扁桃体肿痛，这时要去补活检、送病理。经过病理证实如果是淋巴瘤，需要化疗以及放疗等治疗，如果是扁桃体癌症，可能需要手术或者是放疗等进行综合治疗。所以当扁桃体引起肿痛时，一定要到医院就诊，通过检查明确病因以后进行综合治疗。