功能性腹泻有一部分是能自愈的，人体自身机能有调节作用，尤其是菌群紊乱以后，身体、肠道局部微生态会自己进行调节，但是有一部分病人不能够自愈，要针对病因进行干预。如果菌群失调紊乱用调节菌群的药物，比如杆菌类、真菌类、球菌类，进行口服干预效果都是不错的。自身神经功能紊乱的病人，可以调节神经功能的药物进行介入，都是有良好的临床疗效的。功能性腹泻的患者有些会自己口服止泻药物，比如思密达也会有不错的临床疗效。长期功能性腹泻，建议到医院及时就诊。