通过迷走神经刺激治疗癫痫，主要是通过脉冲发射器发射电流以后，通过迷走神经传到颅内，对颅内的异常放电有抑制作用，从该角度来说其并没有副作用。但迷走神经非常长，迷走神经可以支配咽喉部、心脏、肺、肝以及胃等器官，所以迷走神经刺激，设置了一个吸收装置，即只能往上刺激，往下面走的电流基本上都被吸收掉。患者术后最常出现的症状是干咳以及喝水可能会呛，因为迷走神经其中有一个分支支配咽喉部，如果术中对其进行骚扰以后，可能会导致声音嘶哑或饮水呛咳等反应，但基本上以上不良反应在术后3-5天就可以完全消退。每次调高刺激参数时也有可能会导致干咳或声音嘶哑，一般在一天左右也会消退，所以迷走神经刺激对于心脏、肺等器官基本上都将电流吸收掉，出现副作用的可能性微乎其微。最常见是对咽喉部的刺激，基本上以声音嘶哑和干咳为主，即便是出现也很快能适应、能消失。