现代医学研究克罗恩病的术后复发机制还不明确，粪便、肠道连续性、遗传和免疫等，均可影响复发。转流回肠造口可有效治疗克罗恩病的结肠炎，而发生小肠克罗恩病的风险会降低。回肠、结肠吻合，上段进行回肠造口转流后6个月，内镜及组织学检查没有复发，而未行转流术后复发率高达71%，且回肠造口关闭6个月后，所有患者均会出现内镜下或者病理学上的复发。克罗恩病患者进行回结肠切除术后，其新造的末端回肠，菌落定植量是增加的。结肠切除术后活检显示新造的末端回肠，细菌的计数以及种类，无论是克罗恩病患者还是在对照值中都有明显增加，而回肠造口术后并没有这类改变。还有病例对照研究显示，克罗恩病患者多数的大肠埃希菌以及肠道的菌落较多，所以早期复发可能与大肠埃希菌和类杆菌的计数较高有关，而且这类病人很容易分离出梭菌。