宝宝指甲扁平的原因有以下几点：1、正常现象：可能与遗传有关，有些宝宝家长的手指相对扁平，宝宝的指甲也可能出现扁平的状态，没有疾病的问题，只是发育的正常情况；2、不良习惯导致：如有些宝宝喜欢咬手指或者啃手指，都可能造成指甲损伤，出现指甲扁平的现象；3、营养元素缺乏：有些宝宝缺铁、缺锌、缺钙，均可能会影响到指甲的发育状态，造成宝宝指甲扁平。有些宝宝营养不良，全身蛋白质缺乏或者维生素缺乏，也会影响宝宝正常的指甲发育状态，出现扁平；4、全身性疾病：如有些宝宝患有心脏疾病，由于长时间缺氧，可能会造成宝宝指甲扁平。宝宝出现指甲扁平要综合判断，不要单一通过指甲扁平就诊断某些疾病，一定是结合全身的表现，有些是正常的机体状态，也有些是疾病问题造成。