龟头内部隐痛的原因主要包括以下几种： 1、龟头炎：患者的龟头表面可出现糜烂、红肿，并且还会出现局部红疹。在红疹破裂后会形成龟头糜烂面，进而会出现龟头内部隐痛或刺痛症状； 2、淋菌性尿道炎：由于病原体刺激尿道黏膜，导致黏膜破损糜烂，还会使黏膜出现水疱、脓疱，而脓疱在破裂后，则会形成尿道口脓性分泌物，当尿液刺激糜烂的黏膜时，患者可出现龟头内隐痛的症状； 3、尿道结石：当尿道结石排出体外时，由于结石划破尿道黏膜，也会导致黏膜破损出血，还会出现疼痛。如果结石嵌顿在舟状窝，则会引起龟头出现隐痛症状。因此，当患者出现上述症状时，应及时到泌尿外科或男科就诊，通过局部检查等可以明确诊断。如果患者出现尿道结石，则可以用尿道镜将结石打碎并取出。