龟头隐隐作痛的原因包括以下几种：1、浅表性龟头炎：最为常见，病人发生浅表性龟头炎时，会在龟头黏膜表面形成局部糜烂、水肿症状，还会出现局部隐痛症状；2、急性环状溃疡性龟头炎：病人发生环状溃疡性龟头炎时，会在龟头表面形成多个浅表的溃疡改变，表面有少许脓性分泌物，通常伴有隐痛或刺痛症状；3、尿道炎：病人发生非淋菌性尿道炎时，由于感染性致病菌导致尿道黏膜破损、糜烂，会导致尿道黏膜出现隐痛和刺痒症状。由于尿道口有脓性分泌物，脓性分泌物中含有大量致病微生物，刺激龟头时会导致龟头出现隐痛或不适症状。若病人出现上述症状时应及时到泌尿外科或男科就医，通过分泌物检查确诊是否有尿路感染，通过局部检查可以发现有无浅表性龟头炎、溃疡性龟头炎。通过规范的药物治疗，多数病人龟头隐隐作痛症状会明显好转。