小男孩出现排尿时候疼痛，有以下几种原因：1、泌尿系统感染：属于常见的因素，感染出现的时候，细菌以及细菌代谢产物都会刺激膀胱和尿道，在排尿过程当中，会出现尿道刺痛或者灼痛。小男孩可能在排尿过程当中有痛苦，有的小男孩因为怕排尿时候疼痛的感觉，而憋着尿，不敢排尿。如果出现上述症状后，要及时去医院就诊，通过尿常规检测，观察尿中白细胞是否升高判断。如果白细胞升高，则确认泌尿系统感染，要应用抗生素治疗，小男孩应用头孢类抗生素，对身体影响较小，如果没有过敏史，建议用头孢类抗生素治疗；2、先天因素：如果从出生之后排尿一直有疼痛，要考虑是否有先天的发育畸形问题，比如后尿道瓣膜等，都会影响排尿过程，出现疼痛、堵塞的情况。如果排尿出现长时间的疼痛问题，要及时到儿童医院就诊。