胆总管囊肿手术过程主要是包括囊肿的完整切除以及胆管、小肠的重建，少数的病人可能合并要做部分肝脏切除。胆总管囊肿向下延伸到胰腺和胰管会合、血管发育异常，导致手术后出现并发症。比较常见的并发症包括手术过程当中血管损伤导致的出血，手术后胆管和小肠吻合的地方出现渗漏，特别是胆漏的存在，胆总管囊肿汇入到胰腺和胰管相邻的部分，由于要尽量的往下切除胆管囊肿，会出现胰腺的损伤，甚至是胰管的损伤，就会出现胰漏。此外，胆总管囊肿周围包括胃、小肠等。 胆总管囊肿还需要联合部分肝脏切除，都会增加手术后出血、感染的风险。比较常见的并发症包括出血、胆漏、胰漏、继发感染，还有伤口的反应。另外，胃肠道功能在手术后也需要一段时间才能够康复，因此，一个成功的手术取决于很多方面。