胆总管囊肿并发症是指胆总管囊肿在未经治疗的情况之下出现的症状，比较常见的症状，由于胆总管囊肿内胆汁的淤滞，有可能会继发结石、胆管结石会引起明显的包括腹痛、发热、黄疸，这种情况是病人就诊到医院才能够确诊是由于胆总管囊肿引起的相应的症状。胆总管囊肿由于是先天性疾病，有时是青少年或者是儿童时期查体偶然发现，可能没有任何的症状。如果胆总管囊肿发现的比较晚，成年或者甚至到了中老年才发现，由于长期的胆道内的炎症、感染以及胰液反流刺激胆管，有可能会形成胆管癌。有文献报道，胆总管囊肿合并胆管癌的发生率在5%-20%之间。