正常情况下肠黏膜有很多益生菌，构成细菌屏障，帮助分解消化的食物。若出现肠道菌群失调，可能出现大便性状改变，表现为腹痛、腹泻甚至水样便。还有人在肠道菌群失调时出现味道比较大，因为随着益生菌减少，有害细菌增多，产生硫化氢、氨气气体，导致排出的气体味道比较大。若肠道菌群失调，导致细菌屏障破坏，导致肠道菌群异味，导致感染。如严重腹痛、发热，甚至累及全身感染表现。因此，肠道菌群移位可能不止表现为肠道症状，亦可累及全身。