复杂性肛瘘管道多、外口多，与普通肛瘘相比较好诊断。如果只存在一个瘘管，在没有外口时，这时自己诊断很难，只有通过专业医生来进行指诊、叩诊、B超检查，才可诊断出来。复杂性肛瘘，首先做指诊，明确有几个包块，再视诊明确下它有几个外口。另外做叩的检查，明确它有几个硬结。内口一般都在齿线位置，再明确内口有几个凹陷。现在还有辅助的检查方法即B超检查，但是也只能作为参考，最主要还是靠手指检查，手指检查是非常准确的。B超检查有些瘘管是能够看得很清楚的，但有些较隐蔽的硬结、瘘管，也不见得能查得很清楚，需根据B超师的经验。所以B超只是参考，检查的方法主要是靠大夫的手，食指、拇指指诊、叩诊等等。