扁桃腺发炎的药物治疗需要先判断是急性扁桃体炎，还是慢性扁桃体炎。其中急性扁桃体炎可分为急性化脓性扁桃体炎，以及急性非化脓性扁桃体炎。具体如下：1、急性化脓性扁桃体炎：此时一般会有明显咽痛，扁桃体会有脓点、红肿以及有可能会发烧，多考虑是细菌感染导致，如链球菌。此时可以考虑使用抗生素，如阿莫西林口服，一般连续治疗10天，可以达到有效治愈和预防复发的目的；2、慢性扁桃体炎：通常表现为咽喉的异物感、堵塞感以及烧灼感，扁桃体可以有慢性充血、肿大的情况，有可能和重度的烟、酒刺激接触有关系，还有可能和胃酸、胃液的反流刺激有关系，即反流性咽喉炎的相关症状。很多反流性咽喉炎的患者没有胃酸反流的自我感觉，所以导致胃酸反流的因素得不到及时、有效的认识和治疗，导致反流性咽喉炎相关的慢性扁桃体炎症容易持续存在，而迟迟得不到缓解。必要时需要用抑制胃酸的药治疗，才会取得好的疗效。