耳根疼痛的原因如下：1、耳后神经痛：这是比较常见的原因，是病毒感染引起。一般免疫力差的时候，容易发生。因为病毒一直潜伏在耳后神经节，在累了、疲劳、免疫力下降的时候，容易发作，表现为阵发性的刺痛，或者有电流感和撕裂感，比较严重的会出现刀割样症状。需要给予抗病毒药物，如阿昔洛韦、伐昔洛韦，来改善症状，也可以用加巴喷丁、普瑞巴林来改善神经痛症状；2、Hunt综合征：可能是带状疱疹病毒引起的Hunt综合征，会导致面瘫。早期表现为耳后根神经痛，要积极给予激素治疗，应用抗病毒和营养神经药物进行治疗，避免留下后遗症；3、局部颞动脉炎：还有一部分原因，可能是局部颞动脉炎导致。颞动脉炎也会出现血管炎，出现疼痛症状，累及到耳根部的神经痛，需要给予抗感染治疗和激素治疗，改善症状。