临床常用的菌落计数的方法是在无菌体液、尿液当中去检测菌落计数，用菌落的计数衡量在临床上是否达到治病量，一般尿液会采取用1μl的接种环接种，用1μl接种环的量×1000就是每毫升当中菌落的含量，如果用的是10μl，就会×100，换算出来也是每毫升菌落数的含量。一般革兰阴性杆菌是需要＞10^5/ml有临床意义，革兰阳性球菌一般是＞10^4/ml有临床意义。也需要结合临床，比如患者在使用抗生素的过程当中或者是尿液比较频，会导致菌落计数减少，菌落计数在比较纯的情况下在临床也有意义的 菌落计数不仅包括尿液，还有肺部的肺泡灌洗液，做菌落计数之后，会有助于临床判断是否是致病菌。