肾脏部位的隐隐作痛，可能的原因有很多。肾脏是一个内脏器官，内脏器官对于切割等疼痛并不敏感，只有病变刺激到了肾脏的包膜或者肾盂之后，才会有肾脏不舒服的感觉，肾脏的原因如下：1、肾囊肿：肾囊肿增大以后可能会刺激到肾脏包膜，引起肾区的隐隐疼痛；2、感染：包括肾周的感染、肾实质的感染、肾盂的感染，都可能会导致肾包膜或者肾盂受到刺激以后出现隐隐作痛；3、结核：肾结核或者肾周组织的结核都可能会刺激肾脏，引起肾脏部位隐隐作痛；4、结石：小的肾结石也会刺激肾盂出现隐隐作痛的感觉。所以碰到肾脏隐隐作痛的病人，首先要寻找疼痛的原因。可以给病人完善尿常规、尿培养、泌尿系超声，以及泌尿系CT、核磁等检查来进行判断；除此之外，肾周的筋膜、关节的疼痛和病变也会引起肾区的隐隐作痛，此时还是要根据不同的专科，应用CT或者核磁等检查手段来进行排查。